Profondo innovatore delle strutture di base del pensiero scolastico, Vives sentì la sua attività di umanista impegnato come una missione pedagogica, radicata nella volontà educante di formare l’uomo intero, e non chiuso soltanto nell’orizzonte dogmatico delle Scholae, che proponevano un modello di umanità razionalistica e raziocinante, come dimostra l’attenzione quasi ossessiva rivolta dagli scolastici alla logica di marca aristotelico-tomista. Juan Luis Vives imputava altresì al sistema universitario della Scolastica di alimentare un tipo di cultura nozionistica e priva di contatto con la realtà concreta di tutti i giorni.

Deciso nel dimostrare la fallacia teorica del logicismo aristotelico-tomista, Vives non abbandona la logica per la retorica, come faranno altri celebri umanisti come Lorenzo Valla e Lorenzo Agricola, ma propone una logica di nuovo modello radicata più sulla psicologia che sul formalismo di marca scolastica, una logica intesa soprattutto come sistematica delle varie scienze.

In quest’ottica va letta la critica rivolta da Vives alle dieci categorie di  Aristotele, frutto d’arbitrio sia per quanto riguarda il loro numero che la loro funzione nella ricerca scientifica, e al sillogismo, fondato per Juan Luis Vives su basi estremamente aleatorie.

La critica di Vives si appuntava contro i vizi storici della Scolastica: dal logicismo di marca aristotelica, e quindi radicato in special modo sulla logica formale come e in quanto scienza del sillogismo, alla meticolosa speculazione su problemi eccessivamente astratti, agli abusi del principio d’autorità, etc... 

Oppositore del logicismo scolastico, Vives vedrà appunto nella logica concepita in quella maniera una scienza superata, e punterà l’accento soprattutto su una nuova logica radicata sulla psicologia.

La trasformazione della logica da scienza del sillogismo a branca autonoma della psicologia riscuoterà enorme fortuna di lì a poco, nell’opera di Nizolio, Ramo e Zabarella, che dedicheranno molto impegno alla fondazione di una logica innovativa, sulla scia del percorso di ricerca trovato e consegnato alla posterità da Vives.